WhatsApp 採用 Signal 協議實現端對端加密，技術上連 Meta 也無法解密訊息內容，但這並不代表完全免疫於監控。加密僅保護「傳輸中」的資料，若手機端遭植入間諜軟體，監控者可直接從端點讀取訊息。此外，WhatsApp 仍會記錄通訊對象、時間與 IP 等中繼資料，並可能配合執法單位要求提供。由於其程式碼並非完全開源，且若使用者未手動開啟「加密備份」，儲存於雲端的紀錄便可能成為潛在破口。因此，即便協議本身極其強大，監控風險仍轉向端點滲透與中繼資料追蹤，使用者不應將加密協議視為絕對的隱身斗篷。
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